Veronica fait la connaissance de Wallace, un nouvel étudiant, qui a été ridiculisé par Weevil et sa bande, les Biker Boyz, pour se venger de les avoir dénoncer à la police. La jeune fille décide de lui venir en aide en mettant en place un stratagème. Par ailleurs, elle va découvrir que son père lui a caché des choses concernant le drame qui a bouleversé leur vie depuis un an...

En rejoignant le journal de l'école en tant que photographe, Veronica se voit contraint de travailler avec Duncan, son ex petit-ami. Mais quand Weevil est suspecté par la police de fraude de cartes de crédit, Veronica et Wallace décident d'enquêter pour découvrir la vérité. Au cours de son enquête, Veronica va découvrir un élément inattendu concernant la mort de Lilly...

Veronica accepte d'aider Justin à retrouver son père disparu depuis plusieurs années. Mais cela s'avère difficile, le jeune homme ayant très peu d'informations sur lui. De plus, elle doit faire face à ses sentiments envers son ex petit-ami Duncan lorsqu'elle accepte un rendez-vous avec Troy. Keith rencontre la conseillère d'orientation qui s'inquiète des changements survenus dans la vie de Veronica. Enfin, à l'approche de l'anniversaire de la mort de sa sur, Duncan se remet en question...

Veronica décide de venir en aide à Georgia, la copine de Wallace qui s'est fait escroquer par un "gang" d'informaticiens gamers. De son côté Logan prépare un montage vidéo en hommage à Lilly qui sera diffusé lors de l'inauguration d'un mémorial en son honneur...

Veronica décide d'aider Troy, son petit-ami, à retrouver la voiture de son père qu'il s'est fait voler après une virée à Tijuana avec Logan et Luke. Elle apprend que Luke a fait passer en douce à la frontière des stéréoïdes cachés dans une piñata à l'insu de Troy. Luke demande de l'aide à Veronica car il doit rapporter la marchandise au gérant d'un club de gym qui est après lui. De son côté, Keith appronfondit sa relation avec la conseillère d'éducation de Veronica, au grand dam de celle-ci, qui poursuit ses recherches pour retrouver sa mère...

Après que Duncan soit élu président des élèves, Veronica soupçonne une fraude et décide de mener l'enquête. Elle devient amie avec Wanda, qui s'est fait battre alors qu'elle était beaucoup plus populaire que Duncan.De son côté Logan doit faire face à la colère de son père, une star de cinéma, lorsqu'une vidéo amateur le montrant en train d'organiser des combats de boxe avec des sans-abri est diffusé sur Internet et repris par les médias. Enfin Veronica partage avec son père un fait troublant sur la mort de Lilly qui pourrait remettre en question les aveux de l'assassin...

Veronica s'inquiète de la disparition subite de sa voisine, une jeune femme enceinte, et décide d'enquêter. Tandis qu'elle se renseigne sur son petit ami plutôt étrange, Keith va à la rencontre des parents. De leur côté, Weevil et Logan se retrouvent en retenue tous les 2 et vont avec surprise se trouver des points communs.Enfin, Veronica va découvrir avec stupeur les réels liens existant entre sa mère et Jake Kane quand ils étaient au lycée...

Veronica décide d'aider une élève à qui tout réussi dont la réputation a été mise à mal par un pirate informatique qui a truqué un test de "pureté" sur Internet. De son côté, Keith décide de venir en aide à Wallace et sa mère, encombrés par un locataire indésirable. Enfin, Veronica réussit à rencontrer en prison Abel Koontz, le meurtrier présumé de Lilly, qui va lui faire une révélation étonnante...

Veronica est sous le choc de la révélation d'Abel Koontz et décide de faire un test sanguin pour vérifier si Keith n'est pas son vrai père.Dans l'attente des résultats, la détective en herbe décide d'infiltrer une communauté soupçonnée d'être une secte pour essayer de comprendre ce qui est arrivé à un ancien étudiant populaire qui a tout quitté pour rejoindre le groupe...

C'est bientôt Noël à Neptune. Lors d'une partie de poker chez Logan, l'un des joueurs vole l'argent de la mise que devait remporter Weevil. En échange de l'argent, Weevil "emprunte" à chacun des joueurs un objet de valeur, dont l'ordinateur de Duncan qui contient encore le journal de Veronica. La jeune détective se voit forcée de mener l'enquête pour découvrir le voleur... De son côté Keith reçoit la visite de Lynn Echolls, la mère de Logan, qui s'inquiète des lettres anonymes que reçoit son mari, un célèbre acteur de ciné...

Un violeur que Keith pensait avoir arrêté, sévirait à nouveau à Neptune. Devant le danger que court la ville, le maire n'a d'autre choix que de demander à Keith de reprendre temporairement ses fonctions pour découvrir le criminel... De son côté Veronica se fait un peu d'argent de poche en vendant aux étudiants des informations compromettantes sur leurs parents. Mais elle va découvrir un secret qui risque de bouleverser la vie de son amie Mac...

Lorsque Veronica est accusée de fabriquer des fausses cartes d'identités aux élèves du lycée, la jeune détective se lance à la recherche du véritable faussaire. Elle découvre qu'une étrange communauté appelée les Tritons pourraient être mêlés à l'affaire... Par ailleurs Veronica place un micro dans le bureau de l'assistante sociale de l'école et va apprendre à quel point la mort de Lilly a touché ses amis... Enfin Keith découvre l'auteur des menaces que reçoit le père de Logan...

Un producteur de hip-hop engage Keith pour qu'il retrouve sa fille Yolanda qui a été kidnappée. Veronica décide d'aider son père à découvrir ce qui est arrivé à son ancienne amie. Mais l'enquête l'oblige à faire face à ses remords pour son comportement lors de l'arrivée de Yolanda à Neptune... De son côté Logan doit supporter le chagrin de son père suite au suicide apparent de sa mère...

Logan vient demander l'aide de Veronica pour retrouver sa mère car il pense qu'elle ne s'est pas suicidée. Au lycée, Veronica décide d'enquêter sur un de ses profs préférés lorsque celui-ci est accusé de harcèlement sexuel par une de ses élèves. Enfin en recherchant le mal dont souffre Duncan la jeune détective découvre un secret sur Abel Koontz...

Veronica découvre que quelqu'un utilise dans un hôtel les cartes de crédit de Lynn Echolls, la mère de Logan. Celui-ci décide de s'y rendre en espérant la retrouver. Entretemps Veronica doit rechercher l'admirateur secret de sa copine Meg et retrouver le fiancé disparu d'une jeune femme russe...

Veronica retrouve enfin sa mère et exige aussitôt des explications sur sa fuite. Au lycée Neptune, Polly, le perroquet mascotte de l'école, a été kidnappé. Les soupçons vont sur les élèves d'une autre école qui chercheraient à déstabiliser l'équipe adverse de Basket avant un match important. Veronica est chargée de l'affaire par le proviseur. Par ailleurs la jeune détective demande à Leo de lui fournir les enregistrements des interrogatoires de son père sur le meurtre de Lilly, lui permettant de se rapprocher de la vérité...

Veronica retrouve la trace d'Amelia, la fille d'Abel Koontz, qui pourrait l'aider à innocenter son père, toujours emprisonné pour le meurtre de Lilly. Mais un agent de la sécurité qui travaille pour Jake Kane est également sur ses traces... Par ailleurs la jeune détective doit découvrir qui harcèle Sabrina pour l'empêcher de réussir ses études. Et lorsque Logan découvre que Veronica enquête sur les personnes liées au meurtre de Lilly, il décide de lui faire une surprenante confession sur l'une d'entre elles...

Veronica découvre que le lycée Neptune reçoit des menaces d'alertes à la bombe et écrit un article dans le journal de l'école. Devant l'effervescence provoquée par cette annonce, la jeune détective demande l'aide de ses amis Wallace et Mac pour découvrir qui pourrait être le responsable de ces menaces. Les soupçons se portent sur un nouvel étudiant, Ben, qui semble faire ami avec Norris, un collectionneur d'armes blanches. De son côté, Keith avoue à Veronica qu'il est amoureux de la mère de Wallace. Enfin, Duncan, apprenant que Veronica enquête toujours sur la mort de sa soeur, décide de lui demander des explications...

Tandis que Veronica accepte d'aider Mandy a retrouvé la trace de son chien qui a disparu, la demi-soeur de Logan, Trina, est de retour à Neptune. Elle voudrait que Aaron accepte de participer au film de son nouveau petit-ami. Mais Logan va découvrir que ce n'est pas la seule raison de sa visite dans la famille. Et tandis que Weevil a de nouveaux problèmes avec la police, Duncan a subitement disparu de la ville...

Lorsque son petit ami la menace de diffuser une vidéo compromettante si elle le quitte, Carmen se tourne vers Veronica pour l'en empêcher. Aidée de son amie Mac, Veronica monte un stratagème afin d'éviter l'humiliation de la jeune fille. Mais l'issue de cette affaire va bouleverser sa relation secrète avec Logan. De son côté Keith se voit confier par la famille Kane la mission de retrouver Duncan en échange d'une forte récompense.

Suite à la révélation surprenante de Tad, Veronica décide de découvrir qui l'a droguée et abusée un an auparavant lors d'une soirée chez Shelley Pomroy. Dans sa quête de la vérité, la jeune détective interroge tous les témoins présents pour remonter le fil des événements. Et tandis que Keith voit sa relation avec Alicia compromise à cause du comportement de sa fille, Aaron Echolls décide d'offrir un anniversaire surprise à son fils qui ne sera pas sans conséquences...

Keith retrouve la trace de Duncan et le ramène à Neptune. Mais les Kane refusent de payer la récompense suite à l'accord que Veronica a passé avec Celeste. Et lorsque Veronica découvre un élément lui permettant de faire la lumière sur la mort de Lilly Kane, la jeune fille se voit contrainte de trahir une personne qui lui est chère. De son côté, Duncan force ses parents à lui raconter ce qu'il s'est réellement passé le soir où sa soeur est morte. Enfin, Keith reçoit les résultats du test de paternité...